Ο Καποδίστριας, αφού επισκέφθηκε τις ευρωπαϊκές αυλές ζητώντας υποστήριξη, έφτασε στη ρημαγμένη Ελλάδα στις αρχές του 1828 αποφασισμένος να οργανώσει ένα κράτος από μηδενική βάση. Κατάφερε, στην αρχή, να εξασφαλίσει τη συνεργασία εκπροσώπων από όλες τις ηγετικές ομάδες. Έτσι πέτυχε να επικρατήσει εσωτερική ειρήνη, να οργανωθεί στοιχειωδώς η διοίκηση, να λειτουργήσει με κάποια επάρκεια ο κυβερνητικός μηχανισμός, να ληφθεί μέριμνα για τα ορφανά και γενικά για όσους ήταν τελείως απροστάτευτοι. Η χώρα απέκτησε ασφάλεια και τέθηκαν οι βάσεις μιας ομαλής πορείας. Για τον Κυβερνήτη προτεραιότητα είχε η εκδίωξη των Τούρκων και των Αιγυπτίων από την Πελοπόννησο και τη Στερεά και η εξασφάλιση όσο το δυνατόν ευρύτερων συνόρων για το νέο κράτος. Κατά τον Καποδίστρια, η Ελλάδα του 1828 δεν ήταν ώριμη για συνταγματικό πολίτευμα. Προείχε η απελευθέρωση της χώρας, η διεθνής αναγνώρισή της και ο καθορισμός ασφαλών συνόρων και η διανομή γαιών στους ακτήμονες. Στις προτεραιότητες της καποδιστριακής πολιτικής ήταν η επέκταση της στοιχειώδους μόρφωσης μέσω των αλληλοδιδακτικών σχολείων και η δημιουργία Κεντρικού Σχολείου για τη μόρφωση των μελλοντικών δασκάλων.
Στην προσπάθειά του να δημιουργήσει ένα ευρωπαϊκό κράτος, ο Καποδίστριας απέκτησε με τον καιρό αρκετούς πολιτικούς αντιπάλους. Σε αυτό συνέβαλαν πολλοί παράγοντες: η νέα πραγματικότητα έφερε στο προσκήνιο νέες πολιτικές και κοινωνικές δυνάμεις με αντικρουόμενα συμφέροντα. Πολλές από τις ελπίδες των επαναστατημένων Ελλήνων, διαψεύστηκαν από τη σκληρή πραγματικότητα μιας μικρής, φτωχής χώρας που αναγκάστηκε να κάνει τα πρώτα της βήματα δεμένη στη βοήθεια των Ευρωπαϊκών δυνάμεων. Ο ίδιος ο Καποδίστριας, υιοθέτησε ένα συγκεντρωτικό σύστημα διακυβέρνησης που ενόχλησε όσους πίστευαν στη δύναμη των δημοκρατικών διαδικασιών. Επιπλέον κυρίως η βρετανική αλλά και η γαλλική κυβέρνηση θεωρούσαν ότι ο Καποδίστριας εξυπηρετούσε τη Ρωσία και πάντως δεν ικανοποιούσε τις απαιτήσεις τους. Και παρότι ο Κυβερνήτης πέτυχε, με τη συνθήκη του 1831, την ανεξαρτησία της Ελλάδας και μάλιστα με διευρυμένα σύνορα, η ακραία αντίδραση απέναντι στον Κυβερνήτη, πήρε μορφή στα πρόσωπα της οικογένειας Μαυρομιχάλη. Το πρωί της Κυριακής της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 στο Ναύπλιο, δολοφονήθηκε στο ναό του Αγίου Σπυρίδωνα, από τον γιο και τον αδερφό του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη.
Ένα κεφάλαιο έκλεισε για το νέο ελληνικό κράτος. Η σορός του Κυβερνήτη θα μεταφερθεί τον Απρίλιο του 1832 στην Κέρκυρα από τον αδελφό του Αυγουστίνο, για να ταφεί στην Ι.Μ. Πλατυτέρας, δίπλα στον τάφο του πατέρα του, Αντωνίου Μαρία Καποδίστρια.